Добрый день.
С 06.10.14 начали действовать изменения, внесенные статьей 2 Федерального закона N 285-ФЗ в п. 3 ст. 224 НК РФ: доходы, полученные от осуществления трудовой деятельности иностранными гражданами или лицами без гражданства, признанными беженцами или получившими временное убежище на территории РФ, облагаются по ставке 13%.
В данном случае не ясен статус налогоплательщика-беженца, который указывается в справке 2-НДФЛ.
Согласно рекомендациям по заполнению справки 2-НДФЛ:
Если налогоплательщик является налоговым резидентом РФ, указывается цифра 1, если налогоплательщик не является налоговым резидентом РФ, указывается цифра 2, если налогоплательщик не является налоговым резидентом РФ, но признается в качестве высококвалифицированного специалиста,то указывается цифра 3.